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以紫外光分光光度計測定溶液260nm波長的光密度來定量，測定時溶液的光密度最好稀釋為0.2至0.8之間。

DNA乾燥粉末用一定體積的水充分振蕩溶解以後，取部分溶液稀釋到1mL，並在1mL標準石英比色管中測定其光密度，即為所測體積的OD值，進而可以計算出原液的OD值。

例如您拿到一管乾燥的DNA，用1mL水溶解成原液，取該原液50uL稀釋成1mL並在1mL標準石英比色管中測得光密度0.25，說明該50uL中含有0.25OD的DNA，也即說明原來1mL原液中含有5OD的DNA。

實驗室最方便的作法是以聚丙烯醯胺凝膠電泳(PAGE)檢測：使用加有7M尿素的16%聚丙烯醯胺凝膠進行電泳。

請取0.2-0.5OD的引子，以尿素飽和液溶解或在引子溶液中加入乾燥尿素直到飽和為止，並於電泳上樣前先加熱變性(95度，2分鐘)。加入尿素的目的，一是變性，二是增加樣品比重，容易上樣。

隨後以600V電壓進行電泳，一定時間後(約2-3小時)，即可打開玻璃板，以螢光TLC片在紫外光燈下檢測。如在主條帶之下沒有雜帶，即可證明純度沒有問題。(變性不充分時，主條帶之上可能會有其他條帶，此為引子二級結構條帶，變性完全時即消失。)

您可以根據下列參數換算：
1OD乾燥引子的質量約為33ug
引子的莫爾數 = 質量 / 分子量

例如：
一管標明為5OD的引子
分子量為6490
引子質量 = 5 x 33 = 165ug
引子的莫爾數 = 165 / 6490 = 0.025umol = 25nmol
若您需要將此管引子溶解為25uM的溶液，您只需加入1mL的二次水充分溶解即可。

另有一點請您注意，真空乾燥的引子呈薄膜狀或粉末狀吸附在離心管底部，請小心開蓋，以避免逸失。溶解時，請加入足量的水充分振蕩溶解。

隨引子交給您的分析資料中，已將幾個您可能會用到的換算數值為您算好，計算前請先參考該資料。

關於引子序列變異的問題，Invitrogen公司在其網頁（瀏覽該網頁時，地區設定請選擇美國，臺灣地區無法瀏覽此一網頁。您如無法瀏覽，亦可參考我們於98年9月18日擷取之頁庫存檔。）上有完整的說明。基本上，定序後發現的引子突變來源可以大概區分為化學合成與生物複製兩類。對於化學合成階段引入的序列錯誤，尤其是鹼基缺失，目前最為廣泛採用的檢測方式為質譜分子量鑑定。如您有此疑慮，生工亦提供質譜分子量收費檢測，您可在訂購引子時依需選用，相關收費細節，歡迎來電本公司洽詢。

當您定序後發現引子區域序列不正確時，您可以：
1.通知我們免費重新合成引子。我們也會對您原始引子的留樣與重合的引子進行質譜檢測。一般來說，您的引子留樣我們會為您保存三個月。
2.重新挑取菌盤中的其他菌落定序。

選殖基因時，請盡量使用Pfu及經質譜檢測的引子來擴增，可提高準確度。根據我們的經驗，您設計的引子如在5'端留有未能與模版配對之脢切延長端，受引子的不穩定二級結構（unstable stem loop structures）影響，即使質譜分子量檢測正常，仍有較高的機會發生引子序列變異。

您可以使用下列任一條件來黏合兩股單股的引子。

1.將引子以黏合緩衝液（10mM Tris, pH 7.5-8.0, 50mM NaCl, 1mM EDTA）溶解，建議引子濃度為50-100uM，總體積小於500uL。溶解後在95℃加熱2分鐘，隨後慢慢冷卻至室溫即可。對有可能產生髮夾結構（Hairpin Loop）的引子，可採用更為緩慢的冷卻方式，即將保溫後的樣品置於停止加熱的水浴中緩慢冷卻，產物即為穩定的雙股DNA，可以放在4℃備用。

2.引子濃度大於0.1OD/10uL，NaCl濃度大於0.1M，以100℃煮沸5分鐘後，自然冷卻至室溫。

結構式如下：

3'端結構稍有不同，但有效部分H₂N(CH₂)₆是完全一樣的。

結構式如下：